一、加强过滤
处理鱼缸粪便最简单的方法就是加强过滤。过滤系统可以在缸内形成水流，从而将水底的污物带走，被吸水口吸入到滤槽中。如果过滤效果不强，说明功率或流量有问题，这个时候就要加强过滤，可以加大功率或清洗滤棉，也可以直接换大一点的过滤器。
二、换水清理
如果鱼缸中没有过滤设备，粪便就要靠人工清理了，一般是在换水的时候进行。由于换水要先抽水，所以可以将水管通到缸底，这样在抽水的同时，就可以把水底的污物一并带走，之后再兑入新水就可以了。
三、养清道夫
在众多的清洁鱼中，清道夫是最为有名的，它本身生活在水底，口也长在下部，方便它吸食水底的食物，无论是残饵还是粪便，都能被它清理掉。当然清道夫也有排泄物，所以还是要用别的方法清理，但短时间内至少干净了很多。
四、减少投喂
鱼缸粪便多，主要还是因为鱼儿吃的多，平时不用投喂太多的食物，因为大多数鱼没有胃，所以吃完不会囤积，直接进入肠道吸收并排泄，喂多少吃多少，吃多少拉多少，控制好食量后，粪便自然也就少了。
