豆制品含有极为丰富的蛋氨酸，蛋氨酸在酶的作用下可转化为半胱氨酸。它会损伤动脉管壁内皮细胞，使胆固醇和甘油三酯沉积于动脉壁上，导致动脉硬化形成。
豆腐含嘌呤较多，嘌呤代谢失常的痛风病人和血尿酸浓度增高的患者，多吃豆腐易导致痛风发作。
制作豆腐的大豆含有的皂角甙，会加速体内碘的排泄。长期过量食用豆腐很容易引起碘缺乏，导致碘缺乏病。
在正常情况下，人吃进体内的植物蛋白质经过代谢，最后大部分成为含氮废物，由肾脏排出体外。人到老年，肾脏排泄废物的能力下降，此时若不注意饮食，大量食用豆腐，摄入过多的植物性蛋白质势必会使体内生成的含氮废物增多，加重肾脏的负担，不利于身体健康。
大豆中一种植物化学物质可能对精子有害。英国专家研究显示，能模仿雌激素作用的染料木素影响小鼠的精子。少量的这种化学物质就可以破坏男性精子，在精子游向卵子时令精子“消耗殆尽”，失去生育能力。在实验室中发现的对精子的影响也可能与现实生活没有直接的联系。但某大学博士说，令人担心的是，这些化学物质是否会影响成熟的精子。
