燃料电池潜艇AIP动力，与斯特林发动机相比，优点就是能量转换效率很高，燃料电池通过电化学方式直接将化学能转变为电能，省去了热机发电时所必须经过的复杂的转换过程。
采用燃料电池和锂电池推进系统的短鳍梭鱼级潜艇
这减少了能量损耗，可以得到较高的能量转换效率，可以达到70-80%左右，还有就是噪声低，这是燃料电池AIP系统最大的优点/燃料电池的工作过程是能量的直接转换，不需要机械系统参与，这样就相当于去掉了潜艇的一个噪声源。
采用斯特林发动机的苍龙级AIP潜艇
安静性能又是潜艇最主要的性能，所以燃料电池这一点是非常宝贵的系统维护保养、制造加工很方便。
由于系统无机械运动部件，因此就没有磨损造成的故障，同时对于零部件的加工要求低，也便于制造加工，通过集中控制装置可以实现对各个辅助系统的控制，便于实现自动化。
采用燃料电池的212型AIP潜艇
但是，燃料电池价格非常高，启动速度低，碳氢燃料获得手段有限，这也使得它在理论上有那么多优点的前提下，实际应用依然有限。
目前，AIP技术只有两个国家拥有，德国和瑞典，中国走的是瑞典路线，从瑞典进口并仿制，获得了成功，甚至后来者居上。
