对于这个问题偶还是比较了解的，因为偶曾经在南京华为南研就职过，现在还有很多同事仍然在南京华为南研。
华为在南京的总部在软件大道，具体位置是：江苏省南京市雨花台区软件大道101号，也就是地铁一号线软件大道站或者天龙寺站。交通十分便捷。而您所提的南京华为技术有限公司与南京华为技术研究所都是指下图的这个地点，所以从一般人来说，这两个是同一个东西。
再说一下两者的区别：
从企查查网站通过关键词华为+南京查询可以找到下面两个结果。
大家看到两者的法人不同，注册时间也不一样，但是电话和地址都一样。华为技术有限公司南京研究所注册时间在1999年，时间很早，应该是华为在南京设立研究所时申请的。而华为软件技术有限公司，注册时间为，相对较晚，而且从名字中可以看到，这个公司偏重“软件”，而零几年正是互联网技术飞速发展，软件大行其道的时代，因此大家可以推测，当时华为注册了这个“软件”公司是为了更好的发展软件（或者享受一些国家政策）。
事实上，华为南京的确承载了华为很大一部分软件开发的工作，著名的“大业软”就是在南京，而整个“大业软”的员工顶峰期间有几千员工。曾经的“大业软”给华为在国内及海外的通讯市场立下过汗马功劳，但是随着电信通讯市场的饱和，“大业软”的日子并不好过，很多部门被拆分甚至砍掉。
而随着这年移动通讯及移动设备的兴起，原来在华为中作为小弟的“消费者”部门迅速崛起，华为手机的大卖，背后对于软件需求也十分的高，因此南京华为中的好多“大业软”员工从原部门切换到消费者部门，继续担任软件开发的工作。因此可以说，南京仍是华为的软件方面的一个重要基地。
而对于您的疑问，偶想除了上面的原因外，另外可能由于一些政策的原因，后来成立的华为软件技术有限公司能一定程度上给公司税收补贴等方面带来好处，因为偶当时在华为就职时就遇到过合同改签的事情，合同的内容一样的，只是签约的公司不一样，这个对员工来说没有什么影响，但是对公司整体的税收等都会有影响。
写在最后，总体来讲，华为南研所在南京还是一个不错的企业（除了加班比较多），公司环境优美，各方面配置都很不错，整个园区自成一个花园，里面有湖，还有几只黑天鹅；华为的食堂也不错，最近还入驻了星巴克等。欢迎您到华为南研来参观。
