一、 分子生态网络简介
分子生态网络分析是一个极具前景的群落生态分析方法，它能够较为轻松的探究出不同环境中的不同生物特征(物种或基因等)间的相互作用关系或共存模式。通过确定整个网络中的具有高连接度的微生物特征或该特征在模块内所处的位置，可以得到整个网络中的关键物种或基因(hub nodes)以及一些较为重要的物种或基因。这一类微生物特征可能对于微生物群落的结构和功能有着一定的决定作用。网络分析方法已经被广泛的应用于各个环境中的微生物群落的研究，在探寻微生物群落的特有属性、结构、功能以及群落的复杂性和稳定性等方面均有着重要意义，近来也被研究人员用于微生物生态理论的验证和群落应对环境扰动的响应研究。
分子生态网络分析包括两种类型：1）基于相关性的生态网络分析和2）以非随机共现C-scores分析为基础的网络。微生物生态基本都以相关性网络分析为主，通常用于生态系统组成要素矩阵中0不是特别多的数据，要求样品之间差距不能太大，一般用于多个重复样品数据构建网络。
相关性网络分析，需要确定阈值(一般是r和p值)以确定生物特征的相关性关系。确定的阈值可以是硬阈值或软阈值。
硬阈值：两个节点之间只存在有联系与无联系两种情况，得到二进制邻接矩阵，是unweighted networks。硬阈值可以是人为设定相关性系数r和p值。比如r的绝对值=0.6，p<0.05。但是人为设定阈值有一些太武断。有研究人员开发了很多算法，帮助进行阈值的筛选，比如基于 random matrix theory(随机矩阵理论，RMT）的方法构建网络。RMT理论假定了
