基因合成是指在体外人工合成双链DNA分子的技术。基因合成是用人工方法合成基因的技术，是基因获取的手段之一，相对于从已有生物中获取基因来说，且合成无需模板，因而不受基因来源限制。
基因合成的方法主要采用固相亚磷酰胺三酯法，运用此方法的DNA合成仪有很多，常用的有Dr.Oligo 48/96/192/384基因合成仪，可以按照自己的方式配置仪器，最多可配置42种试剂瓶位(4个单体，6个标准合成试剂和32个特殊单体)。
基因合成采用基因合成仪的优势
1、可以保证基因序列的完全正确性，无突变；
2、合成周期短；
3、不受模板来源限制；
4、根据不同应用，设计优化基因序列，提高表达水平；
基因合成方法
为了在基因合成前使基因在不同的生物表达系统中良好表达，研究者通常对基因进行密码子优化。 虽然遗传密码有64种，但大部分生物倾向于利用这些密码子的一部分，常用的叫做最佳密码子，不常用的叫做稀有或利用率低的密码子。
实际用于蛋白质表达或生产的生物(包括大肠杆菌、酵母、哺乳动物细胞、植物细胞、昆虫细胞)均表现出一定程度的密码子偏好性，因此重组蛋白质的表达可能受到密码子利用的影响(尤其是在异源表达系统中)。
在不改变其编码蛋白的情况下，修饰一个蛋白的编码基因，去除稀有密码子，合理优化其mRNA二级结构、GC含量等过程称为密码子优化。 密码子优化原理是根据所用表达系统的密码子偏好性，对目标蛋白质序列中的每个氨基酸选择不同的密码子进行全序列组合，找出其中较好的。
