一、组织规模小，带动能力差。县内农民专业合作社规模普遍较小，全县194个合作社中，成员数在100人以上的仅有11个，占6%；50-100人的17个，占9%；有166个成员数在50人以下，占总数的85%以上，且生产经营规模小、科技含量低，辐射带动能力不强。
二、管理偏松散，运作不规范。部分专业合作社机构不健全，制度章程流于形式；有的虽有机构和章程制度，但缺乏有效的民主监督机制，日常运作包括重大事务决策往往由个别人说了算，不能按照协会《章程》的程序办理具体事务，“挂在了墙上、落不到实处”的问题比较突出。大多数合作组织财务管理、利益返还机制还没有建立健全，有待于今后进一步健全完善。
三、服务层次低，竞争能力弱。我县的农民专业合作社大多属于松散型，对社员的服务仅停留在技术指导、生产资料供应、签订定单和提供市场信息等一些低层次的服务上，在提高农民组织化程度和市场竞争力方面的作用尚未完全发挥出来。龙头企业、生产基地和农户之间还没有真正形成“风险共担、利益均享”的经济共同体，只是一种产品买卖关系，没有形成一体化经营格局。
四、文化层次低，合作意识差。由于受客观条件限制，我县农民作为小生产者，信息获取难，市场观念差，小农意识强，文化素质低，虽然有渴望组织起来的需求，但缺乏必要的知识储备和能力。有些群众对加入专业合作社存有疑惑，担心经济遭受损失，主动参与意识较差，影响了合作社的发展壮大。
五、融资渠道窄，扩大生产难。这是导致我县农民专业合作社发展步伐缓慢的一个重要原因。从目前我县的情况看，大多数农民专业合作社没有收入来源，起始发展缺乏支持，扩大生产步履艰难，在建立基地、解决办公场所、开展培训、引进新技术、新品种和购置设备、组织产品购销、扩大生产经营规模等方面均存在资金严重短缺的实际困难。
