故事发生在虚拟的舞台城市见泷原，以一位普通的国中少女圆的旁观视角作为整个故事的主轴。原本生活过得普普通通的圆，直到遇上了某日转来见泷原中学的黑发少女晓美焰，生活的齿轮也开始剧烈的转动。刚刚才转来的焰对于圆有着异常的执着，使圆感到有点奇怪。
焰虽说是转学生，但是却对于学校的一切等了若指掌，仿佛是来过这里很多次，而正当圆与焰要去保健室的路上，圆对焰说着觉得焰的名字很帅的时候，却被焰突然严肃的提醒“绝对不能成为与现在不同的自己，否则你会死的”。
果不其然，圆与好友美树沙耶香回家的时候，遇见一只伤痕累累的奇怪生物，而将生物打成如此惨的人，正是身穿异样服装的焰，幸亏有沙耶香的即时帮助，才使得圆与生物得以顺利逃走，而之后，这个名为丘比的奇妙生物终于开口说话了“跟我缔结契约，成为魔法少女吧！”这句话，正是整篇故事的开头根源。
短短的12话，却多次转折，前期治愈、中期悬疑、后期治愈。虽然从第一话中看起来，像是传统的魔法少女，但是处处透漏着异样的提示，例如神出鬼没的丘比，以及灵魂宝石会被诅咒染污的等等设定。剧情中期，各种美好梦境崩坏，后期得知真相后，同时面临即将毁灭的世界以及令人意想不到的救赎，剧情扎实紧凑，令人不得喘息。
实现愿望，必须伴随着相应的代价。即使看似合理，却是如此的让人难以接受。一开始圆遇见了学姐麻美，如果能成为那样的魔法少女，帮助别人，那一定是一件很棒的事吧。但是随着学姐的死，她才发现了现实上的困难，真正理解到成为魔女化，是必须付出自己的人生，让重视自己的人伤心，又无法挽回的的一件事。
“不是愿望被实现，而是自己成为了希望。”这句话是圆的最佳写照。圆从一个平凡的女孩子对身边变动事物的无力感，那些看似没有意义的行动，到最后变成所做的一切努力都没有白费，就算是遇到了什么苦，回过头来才发现原来那些全都是很有价值的过程。圆最后神化，就像是在说人生中就算是平凡无奇的人，但只要懂得关心体谅别人、包容别人，就算只是一个小小的单体也能改变世界。
总之，最后的结局是蛮温馨正向的，虽然少女们不断抱持着希望，然后一个个转入绝望，看见的是他们面对现实的发展不断受挫的情感转折，精彩但也让人难过，好在最后跳出圆呼吁大家永远抱持着希望，以这样的结尾来说的确算不错了，真的有治愈到。学姐、沙耶香、杏子、焰、圆，她们是多么认真的为了希望而许愿，这么努力的灵魂，这么深刻的感情，又有谁还能诋毁她们呢？
