我个人认为，喷火龙强但也不至于逆天，小智有些时候不用喷火龙也是情有可原。
首先前期小智不用喷火龙的原因，动画里已经说得很清楚了。
简单来说，就是小智作为训练家的等级太低，没有能力去做喷火龙的训练家，因此控制不了喷火龙的小智自然不会去用它。
而到喷火龙山谷以后，小智的喷火龙发现自己的实力实在是太弱，为此要求小智，让它暂时和小智分开，自己则在喷火龙山谷进行修炼。因而之后小智不用喷火龙的原因一样也是没法用，毕竟喷火龙在喷火龙山谷修炼，除开重要比赛外基本也叫不回来。
其次为何不用喷火龙，或者说整个老一辈神奇宝贝完全弃用，只留皮卡丘在身边，这一点小智也解释过。
以小智的话来说，那就是“勿忘初心”。
对小智而言，如果一路上都是用之前大陆获得的神奇宝贝，自己作为最强训练家的梦想也会越来越远。
因此，虽然以前的神奇宝贝在其他大陆也会临时客串一下，但基本上小智并不会过多的依赖他们，而是以新收服的神奇宝贝作为主要战斗选择。
然后也是为了故事精彩程度考虑
如果故事发展到最后，变成了喷火龙无双或者皮卡丘无双，显然会非常无聊。
为了保证所有神奇宝贝都有出场的机会，像皮卡丘这样满级的神奇宝贝就强制等级清零，喷火龙则故意雪藏，保证新人有发挥的机会。
最后也是最重要的，得把游戏卖出去啊
神奇宝贝动画说穿了毕竟是为游戏服务的大型广告而已，无论是小智一辈子也当不上神奇宝贝大师、皮卡丘清空等级、动不动就放生神奇宝贝等等，其核心目的就是为了方便让进入新的地图，然后借动画把世界观介绍清楚，随后方便带动游戏销量而已。
如果动不动就是喷火龙出场，那岂不是游戏没得卖了？
