每个新人开始旅行的时候，当地博士所都会为他们准备御三家神奇宝贝供他们选择，而小智因为起晚了，所以到大木博士那里的时候只留下了一只皮卡丘，从此开启了他没完没了的旅程。
那么问题来了，究竟是谁在小智之前，拿走了大木博士准备好的御三家神奇宝贝呢？首先是小智最心仪的杰尼龟，它的归宿是最明确的，被小智的死对头大木博士的孙子小茂第一个选走了。
后来的杰尼龟跟着小茂也算是很靠谱了，早早的就进化成了水箭龟，一直都是小茂的心头好。可惜终究敌不过有主角光环的小智和皮卡丘，最后放弃了神奇宝贝大师之路，继承了爷爷衣钵开始做研究。
然后是小火龙，虽然剧场版没有说明，但是起源篇中提到了小火龙是被小赤带走了，而且起源篇中小赤和小茂是死对头，小茂也是因为小赤选择了小火龙才选择了属性有利的杰尼龟。
而且值得一提的是，小赤的小火龙最终进化为喷火龙以后，它是第一只超进化的神奇宝贝，进化后是喷火龙X，属性也变为了火系+龙系，非常帅哦！
至于妙蛙种子嘛，应该是被某个不知名的路人甲带走了，而且据大木博士透露，这人可能连决赛都没进去，不过也感谢他来的这么早带走了妙蛙种子，才有了接下来的小智和皮卡丘。
