扎嘎瀑布被誉为“世界第一钙华叠瀑”，扎嘎藏语意为白色的岩石。瀑布起点海拔3270米，落点海拔3166米，瀑高104米，宽35—40米，具有流水和钙华双重瀑布的特色，既是液体瀑布，又是固体钙华瀑布，瀑布上游为两条支流汇合聚集后在呈弧形的褐红色钙华构成的眉坎上飞流直下，形成一帘耀眼的银川，而钙华瀑面则由于瀑布水中所含的碳酸钙等矿物质因受地形坡度及其局部的骤然变化，在水动力条件下生成的钙华沉积呈垂帘式。
上百个层层叠叠的钙化环型瀑布玉串珠连，经三级钙化台阶跌宕而下，冲击成巨大钙化面而形成朵朵巨大白花，瀑声如雷，声形兼备。在大瀑布第二阶的钙化壁上，有一“水帘洞”，洞口水流飞挂，洞内气象万端。
茂密的原始森林，众多的野生动物，珍贵的野生植物和名贵的野生药材等组成了牟尼沟丰富的自然资源。境内地势复杂，生态环境多样、阴坡森林多，阳坡草坡多，多达20余种优势树种，其间生活着众多的国家一、二级保护动物和其它动物800余种。
二道海海拔3385米，属典型的钙华塌陷湖，湖水由人参湖渗漏补给，水位虽季节变化却不会枯竭。丰水季节最深处达28米，湖水清澈透明，静谧如镜，大气恢弘，枯水季节湖水碧清见底，湖中形态各异的钙华体清晰可见，落水洞暗流涌动，幽深莫测，久旱无雨时当地人常到此处求雨。
花海面积32800平方米，海拔3410米，温泉水蜿蜒穿流其间，随春、夏、秋季的变化而次第开出的金黄、湛蓝、红、青、紫不同种类的成片野花随风漫动，花海如潮，是二道海重要湿地之一。
人参湖属季节湖，为一钙华塌陷湖泊，面积200平方米，海拔3387米。因一棵古树倒入湖中，其枝干上沉积白色钙华，丰水期在蔚蓝湖水的映衬下酷似一棵根须伸张的人参，故名。
