棉花的病害种类繁多，我国有记载的棉花病害有40多种，对棉花造成危害的病害有20余种。其中，棉花苗期主要病害有立枯病、炭疽病、红腐病、疫病、淬倒病、褐斑病、轮纹斑病、角斑病、叶斑病等，立枯病、炭疽病在各棉区均有发生，疫病、褐斑病在沿江棉区发生根普遍，红腐病在淮北棉区较常见。棉花苗期病害的防治，应提倡预防为主，坚持农业防治与化学防治相结合的综合防治原则，主要防治技术如下。
1.合理轮作
轮作可减少土壤中的病原菌，实行水旱轮作防病效果更好。育苗移栽的苗床土，要每年更换．最好用种植禾谷类作物田的土壤，并施人充分腐熟的农家肥，以保证棉苗在苗床内健壮生长。
2.精选良种，适时播种
选用经脱绒、精选和药剂包衣的种子，确保棉苗健壮。适时播种，避免播种过早，一般以5厘米地温稳定在15℃以上时播种为宜。
3.药剂拌种防治根、茎基腐的病害
未精加工包衣的种子应用药剂拌种。常用药剂有：种衣剂、40％拌种灵、50％多苗灵等。使用浓度一般为0.5％，即50千克种子用250克药。
4.选用无病土做苗床和营养钵
5.加强苗床和田间管理
不施用高氮肥料及末府熟的厩肥，棉田要平整，做好清沟排渍，降低田间湿度。棉苗出土后抓紧时机中耕松土，骑行锄棉苗两侧，使土壤通气增温。双层膜拱棚育苗应及时通风，棉苗长到2片真叶到移栽前，应做到“昼揭夜盖，晴揭雨盖”，逐步炼苗，有效抑制苗病发生。
6.田间喷药保护
在棉苗子叶平展后，抢晴及时喷施半量波尔多液，即硫酸铜0.5份、石灰0.5份、水100份，现配现用；再过7-10天可喷施0.3％的多茵灵可湿性粉剂药液，并加0.3％的磷酸二氢钾药液防病壮苗。
