实体瘤自体造血干细胞移植后由于剂量化疗或放疗影响，可有各种并发症，与剂量大小是否联合放疗及患者健康情况和各种器官功能有关。
(1)并发症中以较长期的骨髓和免疫功能抑制最为普遍。由于移植后骨髓抑制，颗粒细胞减少，免疫功能低下及口腔黏膜溃疡，所以各种细菌和真菌感染率高达50％~60％。以革兰氏阴性杆菌及念珠菌为最多见，巨细胞病毒带状疱疹病毒为常见病毒感染，可占40％。骨髓巨核细胞抑制导致血小板重度减少，可引起不同程度的皮肤、黏膜和重要脏器出血。
(2)间质性肺炎虽是造血干细胞移植后患者死亡的主要原因之一，但在自体造血干细胞移植中远比异基因造血干细胞移植少见。一般发生在移植后50～75天之间，与预处理中全身放疗量，与巨细胞病毒或卡氏肺囊虫病有关。发病多在移植后10~15天内，常因呼吸衰竭而死亡。
(3)重症肝静脉闭塞病在自体造血干细胞移植中发生率为7％左右，多发生在移植后20天内。主要病理变化为肝内小静脉阻塞伴小叶中心及窦状隙周围肝细胞损伤、血流缓慢所致。大剂量放、化疗可导致血管内皮细胞损伤，免疫和凝血机制异常，最终导致多脏器功能衰竭而死亡。
(4)出血性膀胱炎在自体造血干细胞移植中多发，主要与大剂量环磷酰胺注射有关。环磷酰胺的代谢产物磷酰胺氯芥或丙烯醛，有损伤膀胱黏膜的作用。急性发作在使用过程即可发生；迟发性在注射后4~6周出现。大剂量白消安也可引起迟发性严重出血性膀胱炎及严重口腔黏膜溃疡，治疗极为困难。盆腔局部放射，在少数患者中也可发生出血性膀胱炎。
(5)脑白质病。自体造血干细胞移植患者如有全身或头颅放射治疗史，移植前后大剂量甲氨蝶呤静脉注射或甲氨蝶呤反复鞘内注射，可发生脑白质病，发生率达10％～15％。脑白质病属迟发性的神经毒反应，多发生在放疗后数月至一年。
(6)远期并发症大剂量联合化疗，尤其是全身放疗后，常见性腺功能减退，如男性无精子形成，女性出现闭经。自体造血干细胞移植后发生性功能减退常为不可逆性。少部分患者移植后发生甲状腺功能减退，多由大剂量放疗引起。
