学校的办学历史可以追溯到1890年，距今已有120多年的历史。
1890年，马甸清真寺聘请大阿訇张子文任伊玛目，为了改变当地贫穷的面貌，张子文在马甸清真寺内办起了新式学校，被称为“回民义学”。学校最初只教阿拉伯经文，后在张子文的倡导下，开始教汉文，这种学校被称为“经汉学校”或“经儒学校”。19，随着张子文离开马甸清真寺，回民义学就停办了。
民国四年（1915），马甸本村的教育家丁子瑜先生在马甸义学的基础上，创办了“北郊私立广育第二小学”。校址开始设在马甸清真寺内，后来迁到德胜门外25号，因此25号南墙外的胡同被称为“义学胡同”，这名称一直沿用到上个世纪80年代。这所小学回民汉民都收，也不再教授经学和阿拉伯文，而是教授国文、算术、常识、修身等课程。据北京教育局档案记载，这所小学19在京师学务局立案，有4个班，52个学生。
这所小学是马甸真正意义上的近代小学，对于马甸的教育来说，具有里程碑的意义。但由于保守势力的反对，丁子瑜一度将“广育第二小学”搬到了小关村。1931年1月20日，北京学务局对各私立小学进行调查，“北郊私立第二广育小学”仍然在册。但之后不久，学校就因为经费不足而停办了。
1934年，回民教育家薛文波等人在后黑寺（即学校现今的地址）建立了后黑寺小学，后黑寺小学于1934年3月18日建立并开学，校名为“西北小学第四部”。小学设有六个年级。薛文波在1936年请丁子瑜回来任学校主任。1937年，抗日战争爆发。日本当局威胁利诱与薛文波他们合作，薛文波不从，南下重庆。薛文波出走后，西北小学第四部在1937年就停办了。
西北小学停办以后，学生失学，1938年2月，丁子瑜把一部分失学的低年级学生聚集起来，办起了“马甸短期小学”，据北京教育局档案记载，当时只设一、二年级，有学生41人，男36人，女5人。
1939年8月1日，丁子瑜又在后黑寺内办起了一所小学——北郊西村短期小学。这是一所公立小学。学校共有五个班，学生172人。学校设四门课程：国语、算术、常识、修身。
1945年8月15日，日本宣布战败。抗日战争胜利不久，国民政府回到北京，这所小学被保留下来，改名为“北郊西村简易小学”。
1946年1月12日，国民政府教育局派丁子瑜任校长。丁子瑜于1946年去世，在学校发展史中，丁子瑜如中流砥柱。在北京的民族教育中，丁子瑜也有着崇高的地位。
1946年下半年，“北郊西村简易小学”改名为“国立成达师范附属小学”，设六个年级，为完全小学，薛文波的弟弟薛文霈任校长。
1949年，北平解放后，学校又改名为“回民学院第一附属小学”。校址设在原“马甸小学”的校址德胜门门外后黑寺的后院。这时形成完全小学，六个年级六个班。
1954年“回民学院第一附属小学”改名为“马甸小学”，“马甸小学”的名称一直沿用到。
，学校改名为“北京市海淀区民族小学”，成为海淀区唯一的民族学校。
学校历史沿革一览：
1890-19：马甸回民义学
1915—1931年：广育第二小学
1921：京师北郊马甸清真教国民学校（马甸清真寺）
1934——1937年：西北小学第四部
1938—1939年：马甸短期小学
1939—1945：北郊西村短期小学
1945——1946年：北郊西村简易小学
1946——1949年：国立成达师范附属小学
1949——1954年：回民学院第一附属小学
1954年——：马甸小学
——至今：北京市海淀区民族小学
【重要校友】
在学校一百二十多年的历史中，培养出许多杰出的人才。著名的童话大王郑渊洁就是其中优秀的代表。
郑渊洁在校就读期间，由于自己的一篇作文受到老师的褒奖，使郑渊洁幼小的心里充满了喜悦与荣耀，使他对写作产生了极大的热情与信心，成为了这位童话作家人生的重要起点。
9月1日，中国的童话大王郑渊洁作为校友参加了母校的开学典礼。他在学校留言簿上写下了这样一句话：“我眼中世界上最好的学校是马甸小学。”这位童话大王在马甸小学从一年级读到小学毕业，在这六年的经历中，至今念念不忘的是班主任赵俐老师对他的肯定与鼓励。
此外，北京教育学院院长郭士安、著名音乐家孙继范、中央电视台前台长李晓明也是学校校友中的优秀代表。
【现任校长】
马万成同志工作简介
马万成，男，回族，中共党员，小学评中学高级教师，大学本科毕业。1962年6月出生，1981年参加教育工作，1999年起担任校长，1月调入海淀区民族小学（原马甸小学）任校长、党支部书记至今。
在民族小学任校长以来，怀着对教育理想的追求，对学校发展的坚定信念，以坚忍不拔的毅力和锲而不舍的精神凝聚人心，带领全校师生励精图治，改变学校原有生存环境，为学校长期发展奠定了坚实的基础。
近年来，马校长带领下，学校制定了新的五年发展规划，以文化建设为主线，努力打造学校的办学特色。
一、 明确了办学思想和理念文化。
经过不断反思与探索，学校办学思路日益清晰，以“高质量、现代化、民族特色、人民满意”为目标，提出了“和而不同，快乐成长”的办学理念以及“做最好的我”的校训，得到了师生、家长的一至认同。
此外，进一步挖掘民族教育的文化内涵，提出了“学习中华传统文化，蕴底气；知晓少数民族文化，铸和气；了解世界多元文化，成大气”的“三气精神”，成为了学校开展民族教育的指导思想。
二、 构建了“幸福公民”课程体系。
经过对教育本质的不断探寻和深刻反思，树立了学校的育人目标：“培养未来社会的合格公民，为幸福人生奠基。”将育人目标分解为“健康之体、规范之行、关爱之心、聪慧之脑、多才之身”五项指标，并构建了学校的“幸福公民”课程体系，一方面对课堂教学进行改革，另一方面加大校本课程的实施，同时将学生活动经典化、课程化，成立了多个学生社团。一系列的课程体现出了全面育人、为学生成长服务的教育观。
三、 开放办学，盘活了教育资源。
为充分发挥北京市民族教育基地和民族团结教育示范学校的作用，学校树立了开放办学的思想，以学校为平台，挖掘社会、家长等各方面资源，为学生、为家长、为社区服务。
学校近两年先后承办了北京市民族教师教学大赛、海淀区双榆树学区建党90周年联合大队会、少先队老辅导员再聚首等活动；分别承接了藏族、蒙古族教师以及北京教育学院新疆班校长的培训任务；与贵州省水族自治县水龙小学以及西藏玉树地区藏族小学建立了手拉手联系，开展了一系列的师生交流、互访互助的活动；学校每月设计制作民族知识小报，发放到海淀区各所小学，进行民族教育宣传，至今已39期。
在校内，为培养学生的公民素养，深入开展民族教育，学校以“三气精神”为指导，开展多元文化校本课程的实验，并引进家长资源，担任部分兴趣课程的执教和组织工作，同时，引导家长参与到学校工作的各个层面，为学生讲座、组织学生社会实践等，办学思想和操作形式都受到了家长和学生的欢迎。
个人荣誉：
现任第九届海淀区政协委员。荣获北京市第七届民族教育“烛光杯”奖；被评为海淀区优秀书记、校长；被评为北京市海淀区第五届、第六届、第七届民族团结进步先进个人；海淀区教育系统优秀党务工作者；海淀区督导优秀评价员；在教育部农村中小学现代远程教育工程教育资源开发项目“民族团结专题教育资源”中担任指导教师；撰写论文多次获全国、市、区获奖并发表。
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