《魔法少女小圆》除了新房子和旧虚拟空间的完美配合之外，还有另一点非常重要。也就是说，故事很清楚。《魔法少女小圆》为什么成为神，只有十二集动漫，却有五条世界观。
要知道，在十二集中，很难完全讲述一个故事。更不用说了，添加各种情感线和预兆。魔法少女小圆不仅做到了这一点，而且还在这个紧凑的空间中添加了五条世界观，每条线都清晰可见。
最初的在宇宙复位之前在这条线中讲述了孵化者的故事，因为孵化者需要能量获取，而最快的方法就是孵化魔女。因此，他们发现了可以产生能量和人类情感的东西。于是开始寻找签名者。在这一方面，学姐是第一个签约的人，而小圆是第二个签约的魔术少女。为了拯救小圆，晓美焰希望拯救小圆，因此来到了第二世界观。
在第二世界观中，晓美焰和圆神一起战斗，但在女巫之夜的面前惨败。小圆被污染，小梅妍发现了女巫的真正秘密。由于这个愿望，晓美焰以她的记忆来到了第三世界观。在第三世界观中，沙耶香以及杏子加入，晓美焰解释了这一阴谋，但没人相信。沙耶香化为女巫，在击败沙耶香后，学校姐姐杀死了杏子。于是小圆杀死了薛姐姐，在女巫的第二天晚上，她再次失败了，来到了第四世界观。
在第四世界线中，晓美焰被认为是成功的。因为她成功地阻止了圆神在女巫之夜之前签署合同。但是在女巫的夜晚，袁慎发现，为了拯救晓美焰，圆神签署了一份合同。但是正因为如此，圆神变成了巫婆，所以有了第五条世界观。
在这最后的世界线中，由于因果纠缠，圆神已成为最强大的女巫。随着学姐和其他人的去世，原深承诺要使女巫从所有时间表上消失，从而完全制止悲剧并重设宇宙。晓美焰也实现了她的愿望，因此她不再越过世界界限。在这行的结尾，魔法女孩成为了升级怪物的一种方式，避免了最终成为女巫的悲剧。
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