1902年2月，21岁的鲁迅赴日本留学。因为当时中国积贫积弱，他想用医学“救活像我父亲似的被误的病人的疾苦，战争时候便去当医”。他还想以医学作为宣传新思想的工具，启发人们社会改革的信仰，达到改造国家的目的。
鲁迅在仙台医专学习期间，结识了藤野先生。离别的时候，藤野送给周树人君一张自己的相片，并且在背后题字，可见师生二人友谊之深。
1926年10月12日在厦门大学，鲁迅先生写作了《藤野先生》一文，记叙了1904年夏末至1906年初春作者在日本留学时的一段学习与思想经历，重点回忆了与这段经历有重要关系的藤野先生。那么，在藤野先生眼中，鲁迅先生又是什么样的学生呢？
在藤野先生的回忆里，32年前的周树人君是这样的：
“周君身材不高，臉圆圆的，看上去人很聪明。记得那时周君的身体就不太好，脸色不是健康的血色。”
关于认真修改周君的课堂笔记，在藤野先生的记忆里是这样的：“周君学习很努力，上课时非常认真地记笔记。可是我看他听日语和说日语都不利索，想必学习很吃力。于是我讲完课后就留下来，看一遍周君的笔记，把周君漏记、错记的地方添改过来。”
至于为何对周君这样特别照顾，藤野的解释是：“尽管中日甲午战争已过去多年，还有很多日本人把中国人骂为‘梳辫子和尚’，说中国人的各种坏话。在仙台医专也有这么一伙人以白眼看待周君，把他当成异己。我在少年时代，曾经跟福井藩校毕业的野坂先生学习过汉文，我很尊敬中国的先贤，同时也认为要爱惜来自这个国家的人。这大概就是我让周君感到特别亲切、特别感激的缘故吧。”
可是，1935年他读了鲁迅的《藤野先生》，却没有联系鲁迅，也不让外人知道。这又是为什么呢？
他说：“周君在小说里，或是对他的朋友，都把我称为恩师，如果我能早些读到他的这些作品就好了。听说周君直到逝世前都想知道我的消息，如果我能早些和周君联系，周君该会有多么欢喜啊。可是现在什么也无济于事了，真是遗憾。我退休后居住在偏僻的农村，对外面的世界不甚了解，尤其对文学是个完全不懂的门外汉。”
这篇《谨忆周树人君》发表于1937年3月。当年7月，卢沟桥事变爆发，日寇全面侵华。
藤野先生曾对两个儿子说：“你们记着，中国，乃是将文化教给日本之先生。”
