直到今天，对于毛文龙该杀不还是不该杀仍然是一个巨大的争议，无论是“该杀”派还是“不该杀”派谁也说服不了谁，都能列出对自己观点有利的史实和证据佐证自己的说辞。
那么毛文龙到底该杀，还是不该杀？
认为毛文龙该杀的，分为三种意见：第一种意见认为，毛文龙该杀，因为其目中无人，侮辱弹劾自己的奏章，不把朝廷放在眼中。
梁启超《袁督师传》引述程本直的话：“辱白简，挂弹章，可数百计也。是左右诸大夫皆曰可杀，国人皆曰可杀也。其不杀也，非不杀也，不能杀也，不敢杀也，是以崇焕一杀之而举国快然! ”
第二种意见认为：毛文龙可杀，但应先奏后斩，而不应先斩后奏不合朝廷法度，正如袁崇焕在《奏报》中说自己斩毛文龙是迫不得已的事情，很无奈。
“臣于是悉其狼子野心终不可制。欲擒之还朝，待皇上处分。然一擒则其下必哄然，事将不测，唯有迅雷不及掩耳之法，诛之顷刻，则众无得为。文龙死，诸翼恶者，念便断矣。 ”
第三种意见认为：毛文龙有十二条罪状，可以找碴儿将毛文龙杀掉，这样就显得名正言顺，设计伏杀就不会引起争议。
查继佐《罪惟录》评论曰：“或曰调文龙御险，如矫抗，可杀也!”

从以上几条可以看出毛文龙不听话，不服从管理，挑战了说一不二的袁大帅的权威，以袁崇焕的个性是无法容忍的，所以被杀也是理所当然的。
水火不容的袁督师和毛大帅
1628年7月，袁崇焕返回京城，上疏陈述兵事，朱由检于平台召见袁崇焕，袁崇焕声称自己可以五年复辽，朱由检对此大加赞赏。
可见老袁是一个自视其高的人，一股舍我其谁的架势，这样的人必然急功近利，手段激烈，不听话的毛文龙被其杀也不算例外。
说其功利是因为宁锦之战后，满桂、赵率教等人都得到了应有的赏赐，但袁崇焕却因为魏忠贤让他的党羽弹劾袁崇焕不救援锦州，论功行赏时，只给袁崇焕增加一级官阶，所以愤而辞官。
再说毛文龙手脚不干净，更有一些情报显示毛文龙准备投降皇太极当汉奸，无论这些事情是真是假，袁崇焕杀毛文龙的理由已经十分充足，到这其实已经演变成为不是真假的问题，而是用什么理由杀他的问题。
袁崇焕感觉毛文龙掣肘自己，自己夸下五年平辽的海口任务又十分紧迫，因此杀鸡儆猴，威慑辽东将领成为了必然选项。
这里面是私利和国利都有，甚至纠缠不清，其根本原因还是崇祯和袁崇焕都好大喜功，对已经成气候的后金没有准确的认识。
在五年平辽这个大基础策略下，有人阴奉阳违，自然就有了神挡杀神佛挡杀佛，手段激烈，烈火烹油的行为，这也是自然之极。
然而，这些理由从战略的角度来看，是一次非常失败的行为，导致杀毛文龙变成意义不明的混乱行为，会杀不会治，轻视东江军集团的存在。
毛文龙作为唯一能在背后牵制后金的战略力量，他的存在对于正面战场处于劣势的明朝来说正面价值绝对超过负面价值。
《明清史料》所收的两个题本最能说明问题，其中之一兵科给事中宋呜梧也说：兵法讲究犄角以牵制，多方以误之，当后金全师出击时，如能分疲其势，就能使其攻捣徒劳。如能掌控复州盖州以及东江一带，以窥辽沈，尤为全策。
毛文龙在皇太极的卧榻之下，而袁崇焕刚好帮后金拔掉了这个眼中钉，双方都皆大欢喜，可谓一拍即合，但对大明来说就不是什么好的事情了。
再说袁崇焕诛杀毛文龙之前，没有得到任何东江军内部的支持，这种入军斩帅的野蛮方式带来的后果也是极其严重的。
连环冤案
毛文龙被杀五个月后就发生了后金兵临京都城下的“己巳之变”——后金约十万精兵绕道蒙古，由喜峰口攻陷遵化，直迫明都，这是以前从未有过的事情，这次事件直接导致了袁崇焕的死因。
这其中又夹杂着毛文龙部下孔有德，耿仲明，的叛变，两人率部在登州哗变，几乎所向披靡，酿成山东大乱的结局。
这是以一种很遗憾的方式告诉人们，袁崇焕杀毛文龙起到了为渊驱鱼为丛驱雀的作用，可以说一点正面意义都没，手段刚烈，操之过急，一切缘由其实就是过去那句“五年平辽”的大话。
毛文龙养子孔有德以平南大将军之职充当清军前驱，战功赫赫，受封定南王，为清初著名的“四王”之一，部将尚且如此，主帅怎可轻视。
孔有德
诛杀毛文龙之后，袁崇焕虽然为了防止东江兵哗变采取了一些策略，如加粮增饷，把整体的东江军化为四部分，进行分化，但仍然没有从根本上解决这个问题，相反逃兵叛乱越来越多。
究其原因是诛杀毛文龙这个鲁莽的行动导致东江军和朝廷之间形成了巨大的裂缝，互相不信任，上下猜忌，兵将互疑，导致人人自危，刀口舔血为朝廷卖命，飞鸟还在天空高翔，结果弓箭先收藏了。
如果袁崇焕不是自视其高，好高骛远，有一点孙承宗的度量，那么东江局势不会恶化到这种地步，东江孤悬岛外，虽然难以控制，但其一切用度来自朝廷，本身是有线的风筝，结果这线被袁督师砍断。
毛文龙被杀成为了袁崇焕悲剧的开始，在朝廷对袁崇焕的指控里，“以谋款则斩帅”两项罪状指控，所谓“谋款”就是私下密谋与后金议和，所谓“斩帅”就是诛杀了毛文龙。
加到一起就是指控他为了私下与后金议和而谋杀了毛文龙，可以说诛杀毛文龙直接为袁崇焕埋下了杀身之祸。
讽刺的是袁崇焕杀毛文龙的罪名是“通敌”，而崇祯杀袁崇焕的罪名也是“通敌”，于是，被史学界人士称为“连环冤案”的事件就这样产生了，而且争议了几百年，到现在也未有结果。
失去笼头的东江军对明末各方的影响
袁总督蓟辽军务前什么身份？宁前兵备道，一个负责县城防务连府城都没管过的中下级官员结果一步登天，被任命为兵部尚书兼任右副都御史，督师蓟辽、兼督登莱、天津军务后更加封为太子少保。
也就是说凭一句“五年平辽”的大言，袁督师从县级干部变为正国级干部，这传奇都赶上12岁为宰相的甘罗了。
毛文龙对于后金的牵制作用和其在抗金斗争中的贡献首先应该肯定，虽然其人是个狂妄重利的家伙，割据一方，野心勃勃，且在辽东前线军饷最紧缺的时候囤积物资发战争财，这才更招人恨。
两人虽然都和后金“议和”，但性质完全不一样，毛文龙就是为了生存，希望在朝廷和后金的夹缝中活下来，袁崇焕是为了巩固战线拖延时间。
至于两人“议和”的具体行为手段，恐怕也只有当事人心里最清楚，这种冷暖自知的事情其实不好妄议，也论不出一个有说服力的结果。
毛文龙是一个枭雄，他过于重利且野心勃勃，虽然毛文龙骄傲自大、贪财自私，但在抗金问题上毫不含糊。
毛文龙不仅偷袭沿海的城池和村落，他甚至长途奔袭后金腹地的辽阳和萨尔浒等地，毛文龙曾把萨尔浒劫掠一空，城中八旗军民被他杀戮殆尽。
因此可以看出后金对其的忌惮和恨，偏偏毛文龙待在皮岛犹如乌龟一样，无从下手，后金又因为没有能力发动水战，对此也无可奈何。
毛文龙死后，皮岛陷入了内乱，他的三个义子尚可喜、耿仲明、孔有德直接投靠了清朝，被封了异姓王，毛文龙部从明军变成了汉八旗，打起明军来比打后金还狠。
毛文龙部一倒戈叛乱，东江镇的牵制作用就没了，后金从此可以高枕无忧的南下了，毛文龙被杀五个月后，皇太极率领的军队就到达了北京城外，发生了“己巳之变”，大明差点完蛋。
江山差点丢了，自己性命差点也没了，崇祯怎么可能会给“五年平辽”的袁督师机会，让你平辽，结果越平越乱，差点大明都完蛋了。
这在以前是没有的事，此后，后金就像脱缰的野马，动不动就南下，不仅辽东的局势急剧恶化，连华北都遭到了严重的威胁。
如果毛文龙不死，后金断不会如此肆无忌惮的南下，此外，毛文龙部倒戈后，为后金带去了大炮和水师，这让后金具备了攻坚和水战的能力。
袁崇焕这一番迷之操作下来，辽东越来越乱不说，又导致了一个几百年的口舌之争，有人为他喊冤，有人恨他入骨。
当然整个事件中只有皇太极最高兴，心腹之患，卧榻之患，自己竟然兵不血刃的解决了，还有什么事情比这件事情让人兴奋呢！
毛文龙死后一个月，皇太极更是便向皮岛诸将发出了《金国汗敕谕皮岛诸官》的招降书，投诚后可任意选择地方居住，手下人民仍旧归自己掌管，不被分散等等，并且以全岛来归的可以立即招做驸马，不愿做驸马的也必有对应的奖赏。
而当时皇太极只有四女，长女已许配蒙古敖汉部王公，而剩下的三个女儿，年龄分别是5岁，1岁和6个月……，由此可见皮岛在皇太极心中的位置。
总结：杀毛文龙弊大于利这是必须肯定的史实，袁崇焕好高骛远也必须接受其性格缺点，至于叛国嫌疑，其实两人都没，只是世事无常，牵一发而动全身，两人都是被封建社会的末期疾病所连累。
参考资料：《明末辽东军将毛文龙功过研究》、《论毛文龙的历史地位》、《毛文龙演义》
