按照《财政部税务总局人民银行关于进一步加强代扣代收代征税款手续费管理的通知》（财行〔〕11号）的规定，代扣代缴税款手续费，税务机关按不超过代扣税款的2%支付手续费，且支付给单个扣缴义务人年度最高限额70万元，超过限额部分不予支付。对于法律、行政法规明确规定手续费比例的，按规定比例执行。
按照《国家税务总局关于发布<个人所得税扣缴申报管理办法（试行）>的公告》（税务总局公告第61号）规定，扣缴义务人领取的扣缴手续费可用于提升办税能力、奖励办税人员。《财政部、国家税务总局关于个人所得税若干政策问题的通知》（财税字〔1994〕20号）第二条的规定，个人办理代扣代缴税款手续，按规定取得的扣缴手续费暂免征收个人所得税。
代扣个税取得返还手续费是否要交增值税目前尚无明文规定，部分省市税务局要求按照“商务辅助服务——代理经纪服务”计算缴纳增值税。一般纳税人按6%的税率抵扣企业进项后计算缴纳增值税；小规模纳税人则是3%的征税率计算应交的增值税。
代扣代缴个人所得税返还的2%手续费不属于不征税收入、免税收入，应作为应税收入，征收企业所得税；同时将取得的手续费奖励给本单位从事代扣代缴工作的员工属于工资、薪金，因此在企业所得税上此笔支出是可以作为工资、薪金在税前扣除，并且此项支出可以增加工资总额进而加大税前扣除“三项经费”的扣除基数。
按照9月7日财政部会计司发布的《关于度一般企业财务报表格式有关问题的解读》的规定，企业作为个人所得税的扣缴义务人，收到的扣缴税款手续费应作为其他与日常活动相关的项目在利润表的“其他收益”项目中填列。也就是说，企业收取代扣个人所得税的手续费收入应当在“其他收益”科目中核算，其中“其他收益”是本次修订新增的一个损益类会计科目。
