1、黄体功能不全：由于黄体发育不良或过早退化，孕酮分泌不足，或子宫内膜对孕酮反应性降低而引起的分泌期子宫内膜发育迟缓或停滞，或基质和腺体发育不同步而影响孕卵着床。
2、染色体异常：如果夫妻双方或一方或胚胎染色体异常，导致胚胎不能正常发育，常常会发生自然流产，因为某些胚胎染色体异常其父母的染色体可正常。染色体异常者应根据异常的种类判断能否再妊娠，若能再妊娠也应做产前诊断以确保优生优育。
3、环境因素。过多接触某些有害的化学物质(如砷、铅、苯、甲醛、氯丁二烯、氧化乙烯等)和物理因素(如放射线、噪音及高温等)，均可引起流产。
4、母体因素。妊娠期患急性病、高热、细菌毒素或病毒(单纯疱疹病毒、巨细胞病毒等)、严重贫血或心力衰竭、慢性肾炎或高血压、生殖器官疾病(如子宫畸形、双子宫、纵隔子宫及子宫发育不良等)、盆腔肿瘤(如子宫肌瘤等)、甲状腺功能减退症、严重糖尿病未能控制、胎盘内分泌功能不足均可导致流产。
5、免疫因素。若母儿双方免疫不适应，则可引起母体对胚胎的排斥而致流产。
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