少林寺以武功名扬天下是在明清时期。明朝嘉靖年间，倭寇窜扰东南沿海，少林派武僧８０余人在月空等人的率领下勇赴沙场，屡挫敌焰，先后有３０余人为国捐躯。嘉靖四十年（１５６１年），抗倭名将俞大猷（福建晋江人，其武功学于泉州）途经少林寺，指点拳术和棍法。俞大猷在看过众僧的表演以后，认为少林寺棍法传久而讹，真诀皆失，乃从少林寺众僧中选出宗擎、普从两位少年僧人，让他们随军南下，亲自传授武艺，历时三年有余。普从不久去世，宗擎学得真诀，回寺广传僧众。万历五年（１５７７年），俞大猷又在京师授给宗擎《剑经》（此为论棍之书，当时把棍称为长剑，故称《剑经》，而非论剑之书）。
在名家的指点下，又经过实战的磨炼，少林棍术水平在明朝晚期有了明显提高。万历四十四年（１６１６年），程宗猷著《少林棍法阐宗》一书，把少林棍法列为棍家“正传”之一。其后，茅元仪在《武备志》中进一步提出“诸艺宗于棍，棍宗于少林”，第一次将少林棍术列为诸家棍法之首。至此，少林棍术已被公认为武术正宗。
少林棍术名扬四海之后，少林寺僧众又致力于拳术的提高。明末时，“寺僧攻拳”，因少林拳术“犹未盛行海内，今专攻于拳者，欲使与棍同登彼岸也”。当时，少林寺僧洪记又从刘德长学得独步天下的峨眉枪法。与此同时，不少文人感叹国事日非，内忧外患，遂自觉习武，以图报国，一时文人习武之风大盛。在武装抗清失败以后，一些志士仁人耻于剃发留辫当新朝臣民，纷纷遁迹山林，削发为僧。他们大多有较高的文化素养，有些人又有深厚的武术功底。在这样的历史背景下，民间的俗界武功与原有的少林武功再次交流融合，使少林武功日臻精湛。
入清以后，中原地区的习武之风依然盛行不衰。雍正五年（公元１７２７年），清廷曾下旨严禁民间习武，但少林寺僧众依然暗中练武不辍。少林寺的反清民族意识曾引起清廷的注意，而少林武功则通过包括秘密会社在内的各种渠道广泛外传。以少林寺为代表的寺院武功在这一时期得到迅速发展，成为中国武术史上一个引人注目的现象。
明末清初之际，少林武术广泛吸收了北方许多拳派的精华，同时也吸收了南方的棍术和枪术，在本寺武功的基础上加以融合提炼，终于形成了内容广博、技艺精湛的少林拳系，全面取得了武术正宗的崇高地位。试看有关少林武技的种种记载，绝大多数见于清人的笔记小说，便是一个佐证。同时，由于僧俗两界武艺的频繁交流，也由于少林武术的名气越来越大，北方的不少拳派，或受到少林武功的影响，或托名少林以自重。这样，少林拳系实际上就涵盖了中国北方地区几乎所有的武术门派，少林武术也成了中国北方地区武术的总称。
近年来，少林武功的名气如日中天，以“少林”冠名的各种武馆遍布大河上下、大江南北。不久前，俄罗斯总统普京等专门到少林寺参观，观看少林拳。然而，物壮则老，盛极则衰，少林武功也自有它的隐忧所在。自我感觉始终良好，少林拳的隐忧也许就在这里吧？
