胃镜检查是目前慢性萎缩性胃炎的主要诊断手段。特别是内镜器械的长足发展，使内镜观察更加清晰，但患者萎缩的确诊仍依赖于病理组织学检查。学者发现萎缩性胃炎的肉眼与病理的符合率仅为38％～78％。然而，仅仅依靠我们取到的数块甚至只有2块胃黏膜活检组织可以诊断或排除萎缩或肠化吗?我们明白，无论是萎缩还是肠化甚至幽门螺杆菌在胃黏膜的分布都是非均匀的，或者说多灶性萎缩性胃炎的胃黏膜萎缩呈灶状分布。当然，只要病理活检发现有萎缩，就可诊断为萎缩性胃炎。但如果未能发现萎缩，却不能轻易排除。如果不取足够多的标本或者内镜医生并未在病变最重（这也需要内镜医生的经验）活检，则势必可能遗漏病灶。反之，当在糜烂或溃疡边缘的组织活检时，即使病理发现了萎缩，却不能简单地视为萎缩性胃炎，这是因为活检组织太浅、组织包埋方向不当等因素均可影响萎缩的判断。还有根除幽门螺杆菌可使胃黏膜活动性炎症消退，慢性炎症程度减轻。
一些因素可影响结果的判断：①活检部位的差异；②HP感染时胃黏膜大量炎症细胞浸润，形如萎缩；但根除HP后胃黏膜炎症细胞消退，黏膜萎缩、肠化可望恢复。如何标准化胃黏膜活检的病理报告，使能够全息和高可复性，以便反映疾病程度，利于治疗评价和判断预后，并使全国临床研究资料有可比性，是个实际而有益的问题，宜在近期解决。萎缩性胃炎每年的癌变率约为0.5%-1%， 胃镜和病理检查的随访间期定位多长才既提高早期胃癌的诊断率， 又方便患者和符合医药经济学要求。
如果纯粹从疾病进展和预防角度考虑，般认为：（1）不伴有肠化和异型增生的萎缩性胃炎可1-2年作内镜和病理随访1次；（2）活检有中-重度萎缩伴有肠化的萎缩性胃炎1年左右随访1次；（3）伴有轻度异型增生并剔除取于癌旁者，根据内镜和临床情况缩短至6-12 mo随访1次；（4）重度异型增生者需立即复查胃镜和病理，必要时手术治疗或内镜下局部治疗。
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