截至，全世界权威期刊上发表的益生菌临床试验文献就超过了2万篇，这些文献表明: 益生菌的副作用仅发生于有严重免疫缺陷和对益生菌过敏的特殊人群。
有严重免疫缺陷的人服用益生菌后有一定的几率产生由于益生菌而引起的感染，而过敏限于一些特殊的益生菌，如布拉酵母菌为主的酵母类益生菌，乳酸菌并未发现存在过敏现象。这些大量的科学临床试验表明，除了以上这两类特殊人群，益生菌对其他所有人都只会有好处，没有坏处。
大量临床试验也发现: 80% 以上的人在服用益生菌时，基本不会有什么副反应的感觉，最多是肚子有些咕噜咕噜，产气比平常稍多一点而已。然而，对于很多肠道菌群已经失调的人，在服用益生菌的过程中，特别在刚开始补充益生菌的前1-4周，会出现病症加重的现象(如腹痛、多气、拉稀加重，皮肤出痘痘比之前更厉害等)，这种现象叫做赫氏消亡反应。
需要明确的是，80%以上的健康人服用益生菌时不会出现赫氏消亡反应。赫氏消亡反应多发生于肠道菌群已经失调的患者。服用益生菌产生的赫氏消亡反应通常时间不长，大多数人几天至2周(及个别严重者会最长持续到4周)就会消失，从而转向身体康复阶段。所以，益生菌对人体并无坏处，益生菌的好转反应，请大家耐心等耐。
