甄嬛不仅背叛了皇上，还生下了果郡王的孩子，最终皇上通过蛛丝马迹得知两人的关系，那皇上为什么不杀甄嬛只杀了果郡王呢？反而还给她协理六宫的大权。首先皇上是深爱着甄嬛的，刚入宫时皇上的确是因为纯元的关系宠幸甄嬛，但后来在不知不觉中已经彻底爱上了甄嬛，并非拿她当替身。
甄嬛产下胧月后，此时已经对皇上心灰意冷，看望甄嬛的时候皇上虽然依然不认为自己错了，但是在甄家出事的前提下，皇上依然选择原谅甄嬛，并且保证只要甄嬛愿意依然像从前一样待她，并且立刻下旨封妃。这是一个帝王最大的让步了，足以见得皇上是真的疼爱甄嬛的。
皇上虽然疑心两人的关系，但苦于没有实锤，凡事要讲证据，如果没有石锤就轻举妄动岂不是成了暴君。在桐花台，果郡王死后，甄嬛一个人出来，来读圣旨的人说要是甄嬛一个人出来就宣读圣旨（协理后宫，位同副后），要是果郡王出来，杀！要是甄嬛和果郡王一起出来，通杀！皇帝认为要是出现后两种情况，那就证明他们有私情。如果甄嬛自己出来就证明自己的清白。但皇上万万没有想到为了甄嬛果郡王愿意牺牲自己。
所以只能相信甄嬛。直到玉娆说元澈和弘曕越来越像了，皇上这才要调查弘曕的身世。皇上并不是没有过杀甄嬛的念头，在大结局时甄嬛委婉的将所有事情都告诉皇上之后，皇上骂甄嬛毒妇，并且不停的喊人，但此时甄嬛已经将下人都谴走了，皇帝是想杀甄嬛的，无奈自己已无能为力，最后被气死了。所以，皇帝之前不杀甄嬛是没有理由杀甄嬛，给她协理六宫是钳制皇后，安定后宫，皇帝需要甄嬛。
