R语言:多个基因的相关性分析与展示。关于批量相关性分析,我们发过两个帖子。单基因批量相关性分析的妙用,又是神器!基于单基因批量相关性分析的GSEA。两两分析的肯定也是没有问题:
现在的问题是,如果是多个基因分相关性分析,如何快速,方便地分析,然后高效地呈现呢?
我用圈图实现过这个操作:
不过比较麻烦,今天介绍一个R包 corrr,可以方便地做这个事情,而且我认为做的更好。
他有一个主函数correlate可以迅速地分析,实现从A到B的转换。
更重要的是他还配了两个可视化的函数,一个是rplot画热图,一个是network_plot画网络图。
出了主函数外,总共有7个函数
最后一个框里有两个函数已经介绍,还有一个fashion可以简洁化展示数据,去掉NA。
第一个框内的shave函数是把剃刀,可以去掉相关性结果上三角或者下三角并设置为NA
rearrange函数可以按照相关性系数聚类排序。
第二个框内的focus函数,类似于select函数,可以用来筛选想要查看的某行某列数据。
stretch函数可以实现数据从宽边长,如图所示。
下面我们就来实战一下:</