门阀是门第阀阅的意思，指世代显贵的家族。门第的观念在东汉时已经出现，大官僚和名士的家族宗党往往官宦不绝，如弘农华阴杨氏四世四人官至三公，汝南汝阳袁氏四世五人官至三公，汝南平舆许氏三世三人位至三公，皆为世所羡，成为高门望族。
高门望族的子孙即便迁徙外地，习惯上仍举原籍的郡名作为标识，后世称之为郡望。一姓常常不止一望，举郡望成为区别宗支的一种方法。高门望族与强宗大族是二位一体的，门第高，族望隆，正是强宗大族的标志。它们在社会上的势力和声望累代延续，各以门阀自诩，而且互相标榜，组合为一种具有特殊身份、享有特殊权利的集团，在魏晋南北朝时被称为“大姓”、“著姓”、“右姓”、“高门”、“冠族”、“士族”、“世族”、“势族”等等。
与此相对，门第较低，家世不显的家族则被称为“单家”、“寒家”、“寒门”、“庶族”，它们即使也拥有一定的土地和财产，其成员也有入仕的机会，但总的说来，在政治生活中受到压抑，社会地位无法同门阀士族相比。当时用以铨选官吏的九品中正制正是随着门阀制度而产生的。这种选举制度形式上是由各地中正官采纳乡里舆论，根据家世才德，把人才分为九个等级，进行推选，也就是以九品官人。
但是，以家族为基础而盘踞于地方的门阀士族，很快就完全垄断了选举权，结果只论家世，出身于名门望族的“衣冠子弟”，即便无德无才，总是被列为上品，优先入仕，得受清贵之职，而出身孤寒的庶族子弟，即便才德超群，也总是被列为下品，如能入仕，也只可就任士族不屑为的卑浊之职，以致“上品无寒门，下品无世族”，“世胄蹑高位，英俊沉下僚”，“据上品者，非公侯之子孙，即当途之昆弟”。这样，九品中正制反过来又巩固并发展了门阀制度。
门阀士族不仅各自在本乡本土控制权力，其联合势力又能左右朝政，皇室不得不与它们“共天下”。国家法令明文规定士族有荫族、免役等特权。士庶之间有严格的区别，“士庶之间，实自天隔”，“士庶之别，国之章也”。士族自视甚高，不与庶族通婚姻。如果士族中人与庶族结为姻亲，或者就任一般由庶族中人出仕的卑浊之职，当时称为“婚宦失类”，是十分耻辱的事，会因此而受到排挤。
在士族集团中，不同的宗族也高下不一。唐代柳芳的《姓系论》讲到在南北朝时，“过江则为‘侨姓’，王、谢、袁、萧为大；东南则为‘吴姓’，朱、张、顾、陆为大；山东则为‘郡姓’，王、崔、卢、李、郑为大；关中亦号‘郡姓’，韦、裴、柳、薛、杨、杜首之；代北则为‘虏姓’，元、长孙、宇文、于、陆、源、窦首之”。“侨姓”、“吴姓”、“郡姓”、“虏姓”，合称“四姓”，“举秀才，州主簿、郡功曹，非‘四姓’不在选”。
所谓“郡姓”，完全是“以中国士人差第阀阅为之制，凡三世有三公者曰‘膏粱’，有令、仆者曰‘华腴’，尚书、领、护而上者为‘甲姓’，九卿若方伯者为‘乙姓’，散骑常侍、太中大夫者为‘丙姓’，吏部正员郎为‘丁姓’”。别贵姓，分士庶，习俗既久，被视为理所当然，“不可易也”。
门阀制度不仅在不同的宗族之间区别高低贵贱，在各个高门士族内部，同样也有尊卑上下之分。门阀士族族大宗强，往往拥有众多的宗族成员，分别属于许多支派和家庭。族内官职最高，财富最多的显贵人物成为首领，他们凭借财富和权势控制宗族，对于宗族成员来说，处于父家长的地位。此外，门阀士族的首领又通过招诱、逼迫等手段收纳门生，庇护逃亡者，并把许多农民当做自己的“荫户”、“附户”、“宾客”、“部曲”，对他们具有号令不二的权力，平时榨取他们的劳动力，战乱时又把他们同宗族子弟一起编为家兵，体现了十分严重的人身控制和人身依附关系。
宗族中不同支派，不同家庭之间，也因本身财富的多寡，代表人物官职的高低而地位不同，“一姓之中，高下悬隔”。《晋书·阮咸传》说阮籍、阮咸叔侄“居道南，诸阮居道北，北阮富而南阮贫”。南朝王氏是第一等的高门大姓，但“王氏以分枝居乌衣者，位官微减”，声望不如其他分枝。博陵崔氏是著名的山东士族，而其中被称为“东崔”的一系却“地望寒劣”。可见，就算同是高门大户，若是财产薄弱，官位低下，同门高低贵贱也就显现出来。
