棉花苗期，会受到多种病原菌的侵害，造成大量棉苗死亡，缺苗断垄。常见的苗期病害有立枯病、炭疽病、红腐病等。防治棉花苗期病害要做到预防为主。精选种子，适时播种，加强田间管理，降低田间湿度，提高地温，使棉苗生长健壮，增强抵抗力。播种前对种子进行药剂处理，既可消灭种子上的病菌，又可使棉苗免遭土壤中病菌的侵入。此外防治地老虎、棉蚜等棉苗害虫也可通过种子处理得以实现。种子处理措施是：温汤浸种、药剂处理和种子包衣。温汤浸种，就是按照三开对一凉的比例，在缸中加入三份开水，一份凉水，水量为种子量的2.5倍，此时水温约70℃左右。将经过精选的种子放入缸中，此时水温约60℃，不断搅拌，保持水温均匀，水温下降后捞出闷种。这样的水温能将种子表面的病菌杀死，又不影响种子发芽率。药剂浸种是在配好的热水中加入杀菌剂或杀虫剂，然后浸种。常用的杀菌剂是50%多菌灵可湿性粉剂，70%的甲基托布津可湿性粉剂，50%福美双可湿性粉剂、40%拌种双可湿性粉剂等。这些杀菌剂对棉花苗期病害有很好的预防作用。防治棉蚜，蓟马等须用内吸性的杀虫剂浸种，如50%甲拌磷乳油等。药剂拌种是在温汤浸种后进行，待种皮上的绒毛刚发白时拌药；脱绒棉籽，沥水后拌药。选用杀菌剂与浸种相同。杀虫剂可用10%吡虫啉可湿性粉剂。
种子包衣对棉花的多种病虫害具有预防作用。种衣剂附着在种子表面，形成种衣。由于种衣剂中含有内吸性的杀虫剂和杀菌剂，以及棉花生长所需的营养物质，因此，种衣剂具有防病防虫和增产的双重作用。种子表面的种衣剂，一、能杀死附着在种子表面的病菌；二、种衣剂可在种子表面形成保护性屏障，使种子及幼苗免遭土壤中病虫的侵染。三、种衣剂中含有的内吸性农药，可以通过作物的输导组织传导到地上部分，使幼叶和嫩茎免遭病虫的为害，尤其对防治苗期蚜虫效果显著。种衣剂中的药剂遇水后，缓慢释放出来，可在较长时间内发挥作用。棉种包衣可有效地同时控制苗病，苗蚜及地下害虫等，因此在多种病虫害同时发生的地区，提倡采取种子包衣技术。用于包衣处理的棉种需先经硫酸脱绒，棉种脱绒后与种衣剂进行机械包衣或进行人工包衣，不管采取哪种方法，都必须使种衣剂均匀地粘附在种子表面。棉花种子包衣一般选用25%的呋多种子处理剂，也可选用其它适用于棉花的种衣剂。包衣半小时后即可播种。如果以上工作没有做好，苗期出现病害，应在出苗后发病初期，及时喷施杀菌剂。防治以上苗期病害常用的杀菌剂有：50%多菌灵可湿性粉剂600倍液，70%甲基托布津可湿性粉剂1000倍液等。
