企业保密管理是一项复杂的系统工程。尽管企业保密管理体系和管理手段在不断地完善，管理模式逐步规范，但是，在管理过程中仍然存在一些难题，如保密科研项目的保密管理。
存在的主要问题如下：
1.保密管理的职责不明确
因为开发周期比较长，并且参与的研究单位多，部分的科研项目保密责任相对复杂，职责也比较混乱，这就容易导致项目管理与保密管理脱节。
2.参与者管理不严格
当项目建立和发展时，参与者没有接受保密检查、教育和培训，也没有登记备案，保密工作没有组织起来，参与者的保密意识很弱，一些涉密科研项目知识范围界限不清，控制不够严格，这就使涉密科研项目存在一些不安全的风险因素。
3.安全管理不规范
在实际的工作当中，企业相关部门只是进行整体保密，但是对于项目的子系统或者产品没有进一步的要求去进行保密，这就导致保密细节过于宽泛，容易出现保密漏洞。
4.过程控制不到位
在项目开发过程中，科研实验、保密产品管理、保密会议管理等保密要求没有得到有效落实，工艺文件、电子文件归档不及时。
要解决这些问题，企业必须加强涉密科研项目的保密管理，坚持“四个必须”。
1.必须建立和完善保密责任制
每个涉密科研项目应配备一名项目安全员，项目安全员应及时组织开展对项目参与者的安全培训教育，对项目全过程进行监督检查，并将检查情况及时反馈给安全管理部门。
2.有必要规范安全管理
项目负责人应结合项目分类，制定具体的分类事项操作细则，明确范围。在研发过程中，产生的各种文件和资料都要经过严格的审批程序进行分类和控制，以保证输出文件分类的准确性。
3.必须加强分类人员的管理
严格项目参与人员审批，加强培训教育，构筑思想防线，将针对性的保密教育纳入各项业务工作。
4.必须加强过程安全管理
安全管理应贯穿于军事项目申报、立项、实施和验收的全过程。业务部门和安全管理部门要共同努力，加强合作，在业务工作中注意保密，以保密促进业务流程的改进。
加强涉密科研项目的保密管理是促进企业优质发展的基本要求，确保涉密科研项目的安全保密是任重而道远。
