抗病毒治疗都需要长期的过程，一般来说，核苷类的抗病毒治疗至少需要四年，长效干扰素虽然对慢性乙型肝炎也有很好的疗效，但是，目前的一年到一年半的疗程过程中，E抗原的转阴率仅为30%左右。所以，整个抗病毒治疗并不能够完全阻断肝炎的进展。纤维化程度严重的病人，延长抗病毒治疗至5-，肝纤维化未改善率仍高达35%左右。
研究发现，HBVDNA的水平与肝癌的发生率密切相关，病毒水平越高，肝癌发生率也越高，所以，抗病毒治疗是乙肝病人预防肝癌的一级预防。能够通过正确的治疗使HNVDNA的水平低于检测下限，也就是转阴了，发生肝癌的几率也就减小。
目前抗病毒治疗用的药物是核苷（酸）类似物，还有就是干扰素，治疗都有一定的效果，但是都很难令人满意，主要的因素是肝脏肝细胞内存在一种病毒cccDNA，它是病毒反复复制的根源，目前缺乏很好的药物来清除cccDNA，所以大多数的病人都需要进行抗病毒治疗。
对于乙肝患者来讲，出现细微症状及时检查、治疗极为重要。这是因为乙肝极易受外部环境影响而突发。而且肝病属于高变异病毒，乙肝也可致癌变。但由于肝脏的代偿能力极强，所以在产生基因突变、肝恶变等过程中都不表现出任何症状，只有病变到了一定程度，其黄疸、肝区疼痛等特征才会显现出来，而这时病情往往很难逆转了。因此，建议患者不要“拖”到有很明显肝病症状才就医。
