核苷类抗乙型肝炎病毒药物，是治疗慢性乙型肝炎、免疫抑制、肝移植、肝硬化、乙肝DNA病毒数高伴肝功能异常患者的首选药物。核苷类药物最大的优点是抑制病毒的作用强、服用方便、安全性高。
其实抗病毒类药物没有固定的疗程，大多数的患者需要服用三年以上甚至终身服药，而长期的应用抗病毒类药物，不可避免的会出现病毒变异所导致的耐药问题。所以年轻患者，乙肝DNA病毒数低（<1×10的8次方 拷贝/毫升）最好选择干扰素治疗。
对于干扰素治疗无效或使用干扰素可存在一定风险的，就可选择核苷类药物治疗。对于e抗原阳性的“大三阳”患者，治疗一年后检测谷丙转氨酶、乙肝DNA病毒数、和e抗原e抗体，如果谷丙转氨酶正常、乙肝DNA正常、e抗原转阴，需要再继续服药，每三个月到半年检测一次上述项目，保持以上结果一年以上的可以停药。
对于e抗原阴性的“小三阳”患者，治疗一年后检测谷丙转氨酶和乙肝DNA，如果谷丙转氨酶正常、乙肝DNA正常也需要继续服药，保持这种疗效一年半左右才可以停药。上述两种情况，如果停药后，仍继续密切监测肝功能、乙肝DNA和乙肝两对半检测，如果有复发应该再次服用药物。
而美国肝病研究学会认为，e抗原阴性的慢性乙型肝炎患者，服用抗病毒药物应该持续到乙肝表面抗原（HBsAg）消失之后再停药。上述情况的抗病毒治疗疗程，一般都得达到三年以上的时间，殊情况出现反复和顽固性的，治疗疗程更久。所以乙肝抗病毒治疗的疗程是不确定性的也是持久性的。
