1930年6月，江西红军独立1团扩编为江西红军独立师。7月，中共赣东北特委根据中共中央决定，将闽北革命根据地划归赣东北特委领导，并将信江革命军事委员会改称赣东北苏维埃革命军事委员会。同时，以江西红军独立师与闽北红军独立团及地方武装合编为红10军，下辖三个团，划归赣东北革命军事委员会领导。另外，以赣东北各县赤色警卫团组成赤色警卫师。
1931年5月，信江红军军事政治学校改称彭杨红军军政学校。同时，以红10军特务营为基础重建闽北红军独立团。9月，赣东北省苏维埃政府成立，赣东北革命军事委员会改称赣东北省革命军事委员会，下辖：红10军、赤色警卫师、彭杨红军学校、闽北军委分会（辖闽北红军独立团）等。
1932年11月，闽北红军独立团扩编为闽北红军独立师，并将闽北军分会改组为闽北军分区。12月11日，赣东北省革命军事委员会改称闽浙赣军区。唐在刚任司令员，曾洪易任政委，倪宝树任参谋长，温荣清任政治部主任。下辖：红10军（辖第81、82、83团），周建屏任军长，聂洪钧任政委，邵式平任政治部主任；彭杨军事政治学校，涂振农任校长兼政委；赤色警卫师，祝荫隆任师长，方志纯任政委；闽北红军独立师，黄立贵任师长，吴先喜任政委；闽北军分区，薛子正任司令员，邹琦任政委。
1933年1月25日，红10军南渡信江后与红1军团31师合编为红11军，调归红一方面军建制；中共闽浙赣省委和闽浙赣军区另以赤色警卫师为基础，加上部分游击队，组建闽浙赣军区红军新10军，匡龙海任军长，聂洪钧任政委兼政治部主任。
1933年3月，彭杨红军军政学校改称红军军官学校第5分校。
1933年6月，闽北红军独立师、闽北军分区划归闽赣军区建制。9月，闽北军分区与闽赣军区中断联系。此后，闽北军分区重建归闽浙赣军区领导（实际上由闽赣省委代表团领导，至1935年2月，闽北军分区部队编入闽北红军独立师，军分区番号撤销）。
1934年1月，闽浙赣军区将地方武装整编为信（江）北红军独立师，原各县警卫连扩编为红军独立1、2、3、4团；在贵溪、余江、万年地区成立贵余万作战区指挥部。
1934年7月，中共闽浙赣省委决定，在安徽、江西边界的祁门、都昌、湖口、鄱阳（今波阳）、彭泽地区成立皖赣边军分区，以活动在这一地区的游击大队为基础扩编为皖赣边红军独立师（又称挺进师）。
1934年8月2日，中共闽浙赣省委以安徽省黟县起义农民游击队为基础，组建皖南红军游击大队。
1934年10月22日，中革军委决定成立中央军区，闽浙赣军区归其建制。当月，红军军官学校第5分校停办。
1934年11月4日，闽浙赣军区红军新编红10军同红7军团（红军北上抗日先遣队）合编为红10军团，归中央军区指挥。12月，红10军团19师侦察营与皖南游击大队合编为皖南红军独立团。不久，皖赣边军分区和皖赣边红军独立师遭受重大损失，一部转移到都昌、湖口、鄱阳、彭泽地区，编为都湖鄱彭游击大队，一部转移到贵池、秋浦、东流（今东至）地区。
1935年2月，中共闽浙赣省委决定精简机构，但保留闽浙赣军区建制，由唐在刚任司令员，关英任政委，邹琦任参谋长，涂振农任政治部主任。下辖：红30师，颜文清任师长，刘永祝任政委；皖赣边红军独立师，匡龙海任师长，王丰庆任政委；皖赣边军分区，周成龙任司令员，刘真吾任政委；军区独立团，夏年丰任政委；皖南红军独立团，熊刚任团长，刘毓标任政委；江边独立团，倪宝树任团长，李伯钧任政委。
1935年6月上旬，中共江南特委决定，将皖赣边红军独立师一部与贵（池）秋（浦）东（流）游击大队、皖赣游击大队合编为江南红军独立团。7月，军区独立团在弋阳、横峰交界处被国民党军重兵包围，被打散。同月，中共赣东北特委决定，将闽浙赣军区红30师一部与弋阳精干连合编为赣东北游击大队，归赣东北特委和闽浙赣军区领导。
1936年4月，皖南红军独立团在敌军“围剿”下受到损失，余部转移到婺源、休宁、祁门边区鄣公山区活动。同月，中共闽浙赣省委改称皖浙赣省委后，闽浙赣军区随之撤销，原辖各部队、游击队编入皖浙赣边红军游击队，在各地坚持斗争。
