1933年1月30日,中革军委下令撤销福建省苏维埃军事部,将闽西军区改称福建军区(亦称福建总指挥部)。刘畴西任总指挥,谭震林任政委,杨海如任参谋长,李明光任政治部主任。下辖:独立7师,张瑞标任副师长;独立8师,韩伟信任师长,郭滴人任政委;独立9师,陈树湘任师长,张梁任政委;独立10师,张荣发任师长,张平凯任政委;(上)杭永(定)武(平)(新)泉指挥分部,郭清义任指挥;(长)汀连(城)宁(化)清(流)指挥分部,杨遇易任代指挥。
1933年3月,福建军区独立7、8、9、10师整编为第55、56师,组成红19军(暂脱离福建军区建制)。另以地方武装重建福建红军独立7、8、9、10师,并新建11师。
1933年6月,红一方面军根据中革军委指示,将红19军缩编为红34师,仍由福建军区指挥。同月,福建军区进行整编,撤销红军独立7、8、9、10、11师,将部队整编为独立7、8、9、17团及补充团。同时,将杭永武泉指挥分部改称为第1军分区,吴梦云任司令员;将汀连宁清指挥分部改称为第2军分区,李韶九任司令员,张淡任政委;另以宁化、清流、归化地方武装组建第3军分区,霍步青任司令员兼政委;以长汀、连城等地方武装组建为第4军分区,伍修权任司令员。
1933年12月,第1军分区划归粤赣军区建制(1934年4月重建)。
1934年5月17日,中革军委调整福建军区各军分区辖区,以汀河以东为第1军分区;汀河以西为第2军分区;连城、龙岩的宁洋为第3军分区;长汀、汀东、兆征为后方地域,由军区直辖。
1934年7月,粤赣军区第2军分区划归福建军区建制,并入第1军分区。
1934年9月,福建军区补充7团调归红9军团。
1934年10月,中央红军主力长征,福建军区划归新成立的中央军区(南方红军游击队)建制。同时,将闽西红军游击队组建红军独立19、20团,将红军独立17团划归闽赣军区建制。各团在闽西苏区坚持武装斗争。
1935年3月,福建军区机关和各军分区、各团在长汀四都一带被国民党军围攻,损失严重。4月,福建军区不复存在。
福建军区司令部旧址