1933年1月30日，中革军委下令撤销福建省苏维埃军事部，将闽西军区改称福建军区（亦称福建总指挥部）。刘畴西任总指挥，谭震林任政委，杨海如任参谋长，李明光任政治部主任。下辖：独立7师，张瑞标任副师长；独立8师，韩伟信任师长，郭滴人任政委；独立9师，陈树湘任师长，张梁任政委；独立10师，张荣发任师长，张平凯任政委；（上）杭永（定）武（平）（新）泉指挥分部，郭清义任指挥；（长）汀连（城）宁（化）清（流）指挥分部，杨遇易任代指挥。
1933年3月，福建军区独立7、8、9、10师整编为第55、56师，组成红19军（暂脱离福建军区建制）。另以地方武装重建福建红军独立7、8、9、10师，并新建11师。
1933年6月，红一方面军根据中革军委指示，将红19军缩编为红34师，仍由福建军区指挥。同月，福建军区进行整编，撤销红军独立7、8、9、10、11师，将部队整编为独立7、8、9、17团及补充团。同时，将杭永武泉指挥分部改称为第1军分区，吴梦云任司令员；将汀连宁清指挥分部改称为第2军分区，李韶九任司令员，张淡任政委；另以宁化、清流、归化地方武装组建第3军分区，霍步青任司令员兼政委；以长汀、连城等地方武装组建为第4军分区，伍修权任司令员。
1933年12月，第1军分区划归粤赣军区建制（1934年4月重建）。
1934年5月17日，中革军委调整福建军区各军分区辖区，以汀河以东为第1军分区；汀河以西为第2军分区；连城、龙岩的宁洋为第3军分区；长汀、汀东、兆征为后方地域，由军区直辖。
1934年7月，粤赣军区第2军分区划归福建军区建制，并入第1军分区。
1934年9月，福建军区补充7团调归红9军团。
1934年10月，中央红军主力长征，福建军区划归新成立的中央军区（南方红军游击队）建制。同时，将闽西红军游击队组建红军独立19、20团，将红军独立17团划归闽赣军区建制。各团在闽西苏区坚持武装斗争。
1935年3月，福建军区机关和各军分区、各团在长汀四都一带被国民党军围攻，损失严重。4月，福建军区不复存在。
福建军区司令部旧址
